Étudiant à Paris, il obtient un DEA d'Histoire et Sociologie africaine et un diplôme de l'École des hautes études en sciences sociales, en Histoire et cinéma. Il suit ensuite des cours de cinéma à l'École nationale Louis Lumière, Paris.
De retour au Mali, il est engagé comme réalisateur au Centre national de la production cinématographique (CNPC). Il y réalise SECHERESSE ET EXODE RURAL.
En 1995, il réalise GUIMBA ("LE TYRAN") qui reçoit le prix spécial du jury au Festival de Locarno et l'Étalon de Yennenga au Fespaco (Festival panafricain du cinéma et de la télévision de Ouagadougou).
En 1999, sort La Genèse pour lequel il reçoit de nouveau l'Étalon de Yennenga au Fespaco. En 2000, il réalise BATTU qui obtiendra le prix RFI Cinéma du public au Fespaco en 2001.
Il a créé un collectif de production "Kora film".
Président du parti Solidarité africaine pour la démocratie et l'indépendance (SADI), Cheick Oumar Sissoko est nommé le 16 octobre 2002 ministre de la Culture dans le gouvernement d'Ahmed Mohamed ag Hamani. Il sera confirmé à ce poste le 3 mai 2004 dans le gouvernement d'Ousmane Issoufi Maïga et quitte le gouvernement lors de sa démission le 27 septembre 2007.
Filmographie :
* L'ÉCOLE MALIENNE (1982)
* LES AUDIOTHEQUES RURALES (1983)
* SECHERESSE ET EXODE RURAL (1984)
* NYAMANTON, LA LECON DES ORDURES (1986)
* FINZAN (1989)
* ÊTRE JEUNE A BAMAKO (1992)
* L'AFRIQUE BOUGE (1992)
* PROBLEMATIQUE DE LA MALNUTRITION (1993)
* GUIMBA, UN TYRAN, UNE EPOQUE (1995)
* LA GENESE (1999)
* BATTU (2000)
